В настоящее время эта военная прокуратура гарнизонного звена с составом 10 человек является одной из самых крупных в системе органов военной прокуратуры Российской Федерации.
Военная прокуратура Краснодарского гарнизона образована 31 марта 1951 года с дислокацией в г. Краснодаре.
Согласно Федеральному закону «Российской Федерации» и руководящим приказам Генерального прокурора РФ, задачами органов военной прокуратуры является надзор за соблюдением Конституции Российской Федерации, исполнением законов, соответствием законам издаваемых правовых актов, соблюдением прав военнослужащих, членов их семей и иных граждан органами военного управления и должностными лицами воинских частей, учреждений и организаций Министерства обороны Российской Федерации, а также иных органов исполнительной власти в которой законом предусмотрена военная служба.
Военной прокуратурой Краснодарского гарнизона осуществляется надзор за соблюдением законодательства в деятельности более 40 войсковых частей, расположенных на территории 3 военных гарнизонов.
Также в сферу надзора этой военной прокуратуры входит два высших военных учебных заведения, военный комиссариат Краснодарского края и более 20 его территориальных отделов, военный госпиталь, региональные филиала АО «Главное управление жилищно-коммунального хозяйства», АО «Главное управление жилищного фонда», АО «Оборонэнергосбыт» и другие организации.
С момента образования военная прокуратура Краснодарского гарнизона сменила 14 руководителей. С 18 октября 2013 года военным прокурором Краснодарского гарнизона назначен полковник юстиции Арутов Андрей Борисович.
1 февраля 1993 года в составе военной прокуратуры Краснодарского гарнизона образован прокурорский участок в г. Ейске, сотрудники которого осуществляют надзорные полномочия на территории г. Ейска и 9 районов. В настоящее время руководителем прокурорского участка является заместитель военного прокурора Краснодарского гарнизона на прокурорском участке в г. Ейске майор юстиции Борисенко Виталий Владимирович.
За время работы руководством военной прокуратуры достигнуты значительные успехи.
По результатам служебной деятельности в 2014 году военная прокуратура Краснодарского гарнизона заняла 1-е место среди военных прокуратур Южного военного округа.
Не остановившись на достигнутом, в 2015 году военная прокуратура Краснодарского гарнизона была признана лучшей военной прокуратурой гарнизонного звена в системе органов военной прокуратуры России, заняв 1-е место на конкурсе Главной военной прокуратуры.
