В 1853 году на Базарной площади города Екатеринодара (ныне сквер Жукова), на месте старого деревянного Воскресенского собора (в настоящее время там располагается фонтан) на войсковые средства был заложен Войсковой собор святого благоверного князя Александра Невского. Строительство, на которое было потрачено около 100 тыс. рублей, длилось 19 лет. Храм освятили только в 1872 году: работы прерывала Крымская война.
В честь появления святыни площадь и примыкающая улица стали называться Соборными. Авторами проекта были братья Иван и Елисей Черники.
Осенью 1888 года в храме прошёл молебен в честь прибывших в казачий град императора Александра III и императрицы Марии Фёдоровны с наследником престола Николаем и вторым сыном Георгием.
В Войсковом соборе хранились реликвии кубанского казачества, в том числе регалии Кубанского казачьего войска, проходили все торжественные церемонии казаков Екатеринодара. При храме действовал знаменитый войсковой певчий хор, который стал прообразом созданного позднее Кубанского казачьего хора.
В 1937-м собор был разрушен. В 1995 году в сквере Жукова в память о нём была сооружена часовня имени святого благоверного князя Александра Невского.
В марте 1998-го персональной творческой мастерской В.Т. Головерова проведены историко-архитектурные исследования, которые показали исключительную историческую и культурную ценность не только собора в честь святого благоверного князя Александра Невского (как вновь выявленного памятника), но и всего архитектурного ансамбля бывшей Соборной площади. В связи с этим появилась идея воссоздания собора, которую поддержали на форуме интеллигенции Кубани в июле того же года.
В начале 2003 года главой администрации Краснодарского края А.Н. Ткачевым, по просьбе митрополита Екатеринодарской и Кубанской епархии Исидора, было принято решение о строительстве Войскового собора в честь святого благоверного князя Александра Невского у поклонного креста, возведённого в память основателей славянской письменности св. Кирилла и Мефодия.
Торжественная церемония закладки камня на месте будущего храма состоялась 17 декабря того же года в начале улицы Красной. Исторически это место казачьей крепости (южная часть Карасунского кута), которая занимала территорию современной детской краевой больницы и была главным форпостом кубанской кордонной линии, где казаки несли пограничную службу.
Спустя два года после начала строительства, колокола, купола и кресты храма освятил патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
28 мая 2006 года митрополит Калининградский и Смоленский Кирилл освятил полностью восстановленный Александро-Невский собор.
Законодательным собранием Краснодарского края в 2009 году принято решение о включении Войскового собора в честь святого благоверного князя Александра Невского в единый реестр объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации как объекта культурного наследия регионального значения.
